目前，自閉癥的病因尚不清楚，越來越多的證據表明，許多因素參與了該疾病的發生、發展和預后。
1.遺傳因素:對自閉癥雙胞胎共病率的研究表明，自閉癥譜系障礙的遺傳率在37%至90%之間。15%的自閉癥譜系障礙患者可能與已知的基因突變有關。
2.環境因素:一些非特異性的危險因素，如高生育年齡、低出生體重或胎兒期接觸丙戊酸鈉，可能是自閉癥譜系障礙的危險因素。
3.神經生化因素:研究表明，自閉癥患者腦內血清素、多巴胺等神經遞質代謝異常，在一定程度上可以解釋刻板重復行為和情緒障礙。
4.腦器質性因素:有研究表明，自閉癥患者有圍產期腦損傷、腦電圖異常、神經系統體征和癲癇發作。這表明一些自閉癥患者的大腦結構和功能異常。
5.心理因素:到目前為止，我們還無法衡量一個自閉癥兒童的發病中先天遺傳因素的程度，但有時早期發育中不良的養育方式是非常明顯的。
我們接觸到一些自閉癥的案例，比如孩子的父親在外工作，忙碌的母親沒有時間照顧年幼的孩子。為了防止孩子哭鬧，就讓電視陪伴孩子，在言語人際交往最關鍵的時期，沒有人陪伴孩子。結果可想而知。另一個孩子父母工作忙，孩子3歲以內多次交給別人撫養。孩子不斷遇到陌生的照顧者，內心逐漸封閉。我們總能從孩子的成長經歷和親子關系中找到一些導致孩子心理問題的線索。
自閉癥來源于大腦的遺傳易感性，大腦發育過程中各種理化因素造成的損傷，以及早年生活中不良的養育方式的共同原因。
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